Seinämaalaukset
Moniin muihin keskiaikaisiin kirkkoihin verrattuna Huittisten kirkossa on melko vähän vanhoja maalauksia. Katolisena aikana kirkon vihkimiseen kuului, että piispa piirsi seiniin 12 kohtaan siunatulla öljyllä ristin, kumpaankin sivuseinään neljä ja kumpaankin päätyseinään kaksi ristiä.
Samoihin kohtiin maalattiin myöhemmin vihkimisen merkiksi vihkiristi eli ympyrän sisällä oleva risti. Huittisten kirkossa näitä on säilynyt viisi. Suurina juhlina, varsinkin kirkon vihkimisen vuosipäivinä ristien keskustoissa poltettiin kynttilöitä, ja Huittisten kirkossa on yhden vihkimäristin keskellä vielä tallella kynttilän pidike.
Kun kirkko 1490-luvulla vihittiin, Turun piispana oli Maunu Särkilahti, ja hänen kunniakseen useampaan kohtaan seinään maalattiin Särkilahden suvun vaakuna, jonka kuva-aiheena oli tähti ja sen yläpuolella risti.
Nyt niistä on näkyvissä enää pieni yksityiskohta, tähden sakara saarnatuolin vieressä, mutta ennen vuonna 1897 tehtyä kirkon korjausta vaakunoita oli vielä tunnistettavissa. Vaakunakuvion perusteella Särkilahtisuku myöhemmin alkoi käyttää sukunimeä Stjärnkors, joka on suomeksi tähtiristi.
Katolisena aikana jokaisella kirkolla oli oma suojeluspyhimyksensä. Huittisten kirkolla sellainen oli Katariina Aleksandrialainen, joka perimätiedon mukaan asui Aleksandriassa Egyptissä 300-luvulla. Tähän aikaan kristittyjä vainottiin, ja Katariinakin sidottiin eräänlaiseen kidutuspyörään, josta sitten tuli Katariinan tunnuskuvio. Tämä pyörä on maalattu myös kirkon seinään, vastapäätä saarnastuolia, joskin se näkyy enää heikosti. Katariinan muistopäivä, marraskuun 25. päivä on vieläkin Suomen almanakassa Katariinan nimipäivä. Tätä päivää vietettiin Huittisissa paikallisena juhlapäivänä vuoteen 1735 asti. Keskiaikaisissa kalentereissa Katariinanpäivä oli luokiteltu kuuluvaksi kaikkein tärkeimpiin juhlapäiviin (totum duplex), siis samaan ryhmään kuin esim. joulu ja pääsiäinen.
Vielä ennen 1890-luvun korjauksia seinämaalauksia oli jonkin verran nykyistä enemmän, esim. Maunu Särkilahden vaakuna oli useammassakin kohdassa.
Kattomaalaukset
Vuoden 1897 kirkon korjauksen yhteydessä kattoon maalattiin koristeita ja raamatunlauseita. Ne teki huittislainen maalari Juho Vihtori Keinonen (1860-1946). Nykyään ne ovat täydellisinä näkyvissä vain pohjoissakarassa, muualta ne peittyivät osittain vuoden 1959 korjauksen yhteydessä. Tornin alla olevassa eteisessä on seinään maalattuna tietoja vuoden 1897 korjauksesta, ja siinä on myös Keinosen nimikirjoitus.
